日本で最も長い歴史を持つ博物館である「東京国立博物館」は、日本を中心に東洋諸地域の美術品・考古遺物を11万件以上も収集・保管するとともに、調査研究、文化財の保存活用に取り組む日本最大級の博物館である。国宝・重要文化財の所蔵は、700件以上にのぼる。（※1つの遺跡の出土品数百点が一括で「1件」と数え、点数になるとさらに膨大なものになる。）

1872年に、「文部省博物局」による、最初の博覧会を湯島聖堂大成殿にて開催したのが東京国立博物館のはじまりである。開館後まもなく、博物館は内山下町（現在の千代田区内幸町一丁目）に移転、次いで1882年（明治15年）に上野公園に移り、現在にいたる。

幕末の薩摩藩士で明治時代の士族であった町田久成が初代の博物館長となった。1889年（明治22年）には、「帝国博物館」と改称し、九鬼隆一が総長となる。この時、京都と奈良にも帝国博物館が設置され（開館は京都が1897年、奈良が1895年）、それぞれ現在の、京都国立博物館、奈良国立博物館となる。当時の美術部長には、岡倉天心、また哲学者・美術史家のアーネスト・フェノロサも美術部理事を務めていた。この頃から美術系博物館としての性格が強まっていく。

東京都台東区の上野恩賜公園内には、主にすぐれた平常展示を鑑賞できる「本館」のほか、1999年（平成11年）7月に開館した法隆寺宝物館（新館）、同年10月に、皇太子殿下御成婚を記念して開館した平成館、表慶館、東洋館を合わせた5つの展示館と資料館がある。また、博物館敷地から道路を隔てた西側に黒田記念館が、洋画家 黒田清輝の遺言により、黒田の遺産を活用して1928年（昭和3年）に建てられた。

レオナルド・ダ・ヴィンチの代表作「モナ・リザ」が展示された1974年（昭和49年）のモナ・リザ展では、入場者過去最高の約151万人を記録した。

2001年（平成13年）、東京国立博物館、京都国立博物館、奈良国立博物館の3館を統合した独立行政法人国立博物館が設立された。その後、2007年（平成19年）には、東京国立博物館の所属する独立行政法人国立博物館と独立行政法人文化財研究所が統合され「独立行政法人国立文化財機構」が発足した。

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